Đền Yasukuni trải dài trên khu đất 2,41 dặm vuông với khoảng 1,54 dặm vuông công trình liên quan.

Khu đền chính

Liệt kê theo thứ tự từ Đông sang Tây

• Khu Haiden: xây dựng vào 1901, là khu vực cầu nguyện chính của những người đến cầu nguyện cho mục đích tín ngưỡng Thần đạo. Phần mái của khu này được sửa lại vào năm 1989. Bức màn trắng sẽ được các giáo sĩ trang trí lại thành màu hồng khi Đền vào mùa lễ bái[12].
• Khu Honden: khu vực thờ phụng chính dành cho các kami. Được xây dựng vào năm 1872 và trang hoàng lại vào 1989, cũng là nơi dành cho các giáo sĩ hành lễ và hoàn toàn biệt lập với khách viếng[13].
• Khu Reijibo Hōanden: nằm phía sau khu Honden về phía Đông, là khu lưu giữ Quyển thánh thư (Book of souls) - một tài liệu được làm bằng tay theo kiểu Nhật ghi tên của các đấng thần linh của Thần đạo được thờ tại đây. Được xây dựng từ các mẫu bê tông đã hư hại từ các vụ động đất được Thiên hoàng Chiêu Hòa đưa đến vào năm 1972[14].
• Khu Motomiya: được xem như một khu đền phụ, lúc đầu được xây dựng tại Kyoto nhằm mục đính vinh danh những người đã hi sinh vì sự trung thành của họ trong những ngày đầu của thời kì Minh Trị Duy Tân. Bảy mươi năm sau, khu đền này được đưa đến Yasukuni vào 1931. Motomiya theo tiếng Nhật có nghĩa là "Ngôi đền cũ" với ngụ ý rằng đây là một trong những khu thánh linh của Đền Yasukuni ngày nay[15].
• Khu Chireisha: nằm ở vị trí về phía Nam của khu đền Motomiya, vốn là một ngôi đền nhỏ được xây vào 1965. Chủ yếu dùng để phụng thờ những người chưa được đưa vào khu Honden - vốn là những người chết từ các quốc tịch khác có liên quan đến Nhật Bản. Yasukuni dành riêng ngày 13 tháng 7 hàng năm để tổ chức một buổi cầu nguyện tại đây[16].

Cổng Torii

• Daichii Torii: được xem như lớn nhất Nhật Bản, dựng lên lần đầu tiên vào 1921 trên lối đi chính dẫn vào Đền Yasukuni. Cao gần 25m và dài 34m, khách viếng Đền sẽ đi qua cổng này nếu bắt đầu từ hướng Đông sang Tây. Được thay thế một lần vào 1974 khi bị hư hại vào năm 1943 do thiên tai[17].
• Daini Torii: có thể gặp trên đường đi vào Đền, là Torii lớn nhất Nhật Bản làm bằng đồng. Được dựng lên từ 1887[18].
• Shimmon: nằm giữa Daini Torii và Chumon Torii. Cao 6m và được làm từ cây tùng bách Nhật Bản (Hinoki (檜 hay 桧) có đường kính khoảng 1.5m, dựng lên từ 1934 và được khôi phục lần đầu vào năm 1994[19].
• Chumon Torii: Torii bằng gỗ này sẽ gặp sau cùng trước khi đến khu đền Haiden. Được dựng lên vào 2006 và làm từ một cây bách ở tỉnh Saitama[20].
• Ishi Torii: được làm bằng đá dẫn đến Đền từ hướng Nam. Dựng lên từ 1932, có thể đến khu vực Parking bằng lối đi này[21].
• Kitaman và Minamimon: dẫn đến Đền từ hướng Bắc và Nam. Khách đến viếng có thể nhận ra Minamimon Torii do vốn là một cổng nhỏ làm bằng gỗ.

Khu tưởng niệm

• Irei no Izumi: được xây dựng gần đây để tưởng nhớ đến những người chết do khát từ các trận đánh[22].
• Ōmura Masujirō: được làm tự nghệ nhân điêu khắc Okuma Ujihiro vào 1893, cũng là tượng đài đầu tiên làm bằng đồng mang phong cách châu Âu. Được xây để vinh danh Ōmura Masujirō, người đàn ông mệnh danh "Cha đẻ của quân đội hiện đại Nhật Bản"[23].
• Tượng của người mẹ góa: được dựng lên để vinh danh các bà mẹ phải nuôi con một mình khi chồng của họ hi sinh do chiến tranh. Được đưa đến Đền vào 1974 do "Hội của các đứa con" đóng góp[24].
• Tượng đài của Tiến sĩ Pal: công trình được đưa vào Yasukuni vào 2005 để vinh danh thẩm phán Radhabinod Pal, một người đơn độc luôn tìm những bằng chứng cho sự vô tội của các bị cáo trong Phiên tòa hình sự quốc tế Viễn Đông[25].

Các khu vực khác

• Yūshūkan: được xây từ 1882, khu bảo tàng này được đặt ở phía Bắc của khu sảnh đường của Yasukuni trưng bày nhiều hiện vật chiến tranh trong đó có cả phi cơ Zero Fighter và ngư lôi Kaiten dành cho các cảm tử quân (回天, hồi thiên, tức "Thay đổi thế giới" hay "Kiến tạo số phận").
• Khu vườn Shinchi Teisen: được bày trí theo phong cách Nhật có từ thời kì Minh Trị. Một thác nhỏ được đặt giữa hồ khu vườn nhằm làm tăng sự thinh lặng của cảnh vật xung quanh[26].
• Biểu diễn Sumo: vào 1869, một buổi biểu diễn dành cho các võ sĩ Sumo được tổ chức lần đầu tiên vào dịp mở cửa khu Đền. Kể từ đó, rất nhiều cuộc kỉ niệm tương tự được tiến hành với sự tham gia của các võ sĩ chuyên nghiệp kể cả các nhà vô địch của giải Sumo hạng nặng (yokozuna) thường niên tổ chức vào các dịp lễ mùa xuân. Các trận đấu này được tổ chức miễn phí cho khách viếng Đền[27].
• Ō-tōrō: hai ngọn đèn đá lớn nhất Nhật Bản được đưa đến Đền từ 1935. Một cái tượng trưng cho quân đội, cái thứ hai dành riêng cho Hải quân Đế quốc Nhật Bản.